Tirant ses origines de la bibliothèque des rois de France, le département des Manuscrits conserve la plus importante collection au monde de manuscrits médiévaux, modernes et contemporains. Elle comprend de nombreuses copies anciennes, unica, textes scientifiques, manuscrits décorés et à peintures. Enrichies par des dons d’auteurs, d’hommes politiques ou d’universitaires, par des mécénats ou des achats, les collections sont encyclopédiques : chansons de geste, religions d’Orient et d’Occident, histoire moderne et contemporaine, manuscrits littéraires...
Les collections de manuscrits originaux sont complétées par des livres et revues en toutes langues, des microformes et des fac-similés. La salle de lecture est ouverte aux lecteurs de la Bibliothèque de recherche ; la consultation de certains manuscrits doit faire l'objet d'une autorisation spéciale.

Les collections du département des Manuscrits sont encyclopédiques : chansons de geste, romans arthuriens, langues romanes, littératures orientales, religions d’Orient et d’Occident, histoire ancienne, histoire des sciences, les manuscrits littéraires : Pascal, Diderot, Apollinaire, Proust, Colette, Sartre etc. Le « cabinet des titres » constitue avec les armoriaux les principales ressources en généalogie.

La collection des manuscrits comprend un nombre très élevé de copies anciennes, d'unica, de textes scientifiques, de manuscrits décorés et de manuscrits à peintures ainsi que des manuscrits sur une grande variété de supports et de formes (xylographes, estampages notamment).