Le 20 janvier 1880, la Commission de Topographie des Gaules (CTG) est officiellement transformée en Commission de géographie historique de l'ancienne France (CGHAF). Mais si le nom de l'institution change, la continuité est de mise : le premier objectif de la nouvelle commission est bel et bien d'achever les travaux de la CTG.
La continuité entre les deux commissions est d'abord une question d'individus, puisqu'une grande partie des membres de la CTG intègre la nouvelle institution. Ainsi, nous retrouvons siégeant à la CGHAF Alexandre Bertrand, Anatole de Barthélemy et Alfred Maury. Les savants entrés à la CTG dans les années 1870, comme Charles Robert, Ernest Hamy ou encore Antoine Héron de Villefosse en font également partie. Le réseau de correspondants de la CTG se maintient. Certains d'entre eux continuent même de se définir comme des « correspondants de la Carte des Gaules » dans leurs échanges avec la CGHAF. De nouveaux savants sont tout de même nommés auxiliaires de cette dernière.
Le président de la CTG, Félicien de Saulcy, est mort en 1880. C'est Henri Martin, l'auteur d'une monumentale Histoire de France et figure politique importante à partir de 1870, qui préside la CGHAF. Cette dernière ne se réunit plus au ministère de l'Instruction publique mais à la Bibliothèque Mazarine. Les époques gallo-romaines et médiévales sont désormais privilégiées, reléguant la préhistoire et la protohistoire au second plan. De nouveaux chantiers sont ouverts : création d'une nouvelle section chargée d'étudier les enceintes fortifiées, rédaction d'un recueil des dictons, réalisation d'un inventaire des pouillés, enquêtes d'anthropologie physique dirigées par d'Ernest Hamy...

L'administration de l'instruction publique depuis la Révolution française est rattachée aux services du ministère de l'Intérieur créé en 1790. Héritière de l'Université impériale instituée par les décrets du 17 mars 1808, et qu'avaient remplacée, pendant les premières années de la Restauration, une "Commission de l'Instruction publique " (1815-1820), puis un "Conseil royal de l'Instruction publique " (1820-1822), l'Université de France fut érigée en département ministériel, le 26 août 1824, par la création du "Ministère des Affaires ecclésiastiques et de l'Instruction publique".
Créé par ordonnance du 4 janvier 1828, le Ministère de l'Instruction publique dure, sous des appellations légèrement variables, jusqu'en juin 1932. Il est alors remplacé par le ministère de l’Éducation Nationale.
Sous le Second Empire, le ministère de l’Instruction publique et des Cultes, administré notamment par Hippolyte Fortoul (1851-1856), Gustave Rouland (1856-1863) puis Victor Duruy (1863-1869), est réparti en plusieurs bureaux et en une division : la Division des Sciences et Lettres. Elle regroupe la gestion des grands établissements scientifiques (par exemple, le Museum d’Histoire Naturelle) mais s’occupe également des indemnités scientifiques attribuées au développement de la recherche. Par ailleurs, le ministère, grâce aux différentes commissions dont il a la tutelle, est en lien permanent avec les sociétés savantes. C’est le cas notamment avec l’actuel Comité des Travaux Historiques et Scientifiques et avec la Commission de Topographie des Gaules qui font appel aux savants locaux, qu’ils nomment correspondants, dans le cadre de leurs recherches archéologiques et historiques dans les différentes régions de France.