La Commission de la Topographie des Gaules (CTG) est une commission de savants créée par Napoléon III le 17 juillet 1858, avec pour objectifs de dresser trois cartes et de rédiger deux dictionnaires visant à éclairer la topographie antique du territoire national. Pour ce faire, la CTG -qui compte moins de 20 membres à sa création- va immédiatement tisser un grand réseau à travers le pays en nommant des correspondants dans tous les départements, s'appuyant souvent sur les sociétés savantes locales. Officiers, ingénieurs, archivistes, professeurs de lycée, hommes d'église et autres notables sont ainsi mobilisés pour mener des recherches dans leurs régions respectives et faire remonter ces informations à Paris, au Ministère de l'Instruction publique dont dépend la Commission.
La CTG a survécu à la chute du Second Empire ; elle ne disparaît que le 20 janvier 1880 lorsqu'elle est officiellement remplacée par la Commission de géographie historique de l'ancienne France.

L'administration de l'instruction publique depuis la Révolution française est rattachée aux services du ministère de l'Intérieur créé en 1790. Héritière de l'Université impériale instituée par les décrets du 17 mars 1808, et qu'avaient remplacée, pendant les premières années de la Restauration, une "Commission de l'Instruction publique " (1815-1820), puis un "Conseil royal de l'Instruction publique " (1820-1822), l'Université de France fut érigée en département ministériel, le 26 août 1824, par la création du "Ministère des Affaires ecclésiastiques et de l'Instruction publique".
Créé par ordonnance du 4 janvier 1828, le Ministère de l'Instruction publique dure, sous des appellations légèrement variables, jusqu'en juin 1932. Il est alors remplacé par le ministère de l’Éducation Nationale.
Sous le Second Empire, le ministère de l’Instruction publique et des Cultes, administré notamment par Hippolyte Fortoul (1851-1856), Gustave Rouland (1856-1863) puis Victor Duruy (1863-1869), est réparti en plusieurs bureaux et en une division : la Division des Sciences et Lettres. Elle regroupe la gestion des grands établissements scientifiques (par exemple, le Museum d’Histoire Naturelle) mais s’occupe également des indemnités scientifiques attribuées au développement de la recherche. Par ailleurs, le ministère, grâce aux différentes commissions dont il a la tutelle, est en lien permanent avec les sociétés savantes. C’est le cas notamment avec l’actuel Comité des Travaux Historiques et Scientifiques et avec la Commission de Topographie des Gaules qui font appel aux savants locaux, qu’ils nomment correspondants, dans le cadre de leurs recherches archéologiques et historiques dans les différentes régions de France.

Grand promoteur de la Préhistoire en France, Émile Cartailhac est membre non résident du CTHS à partir de 1870 et devient correspondant de la Commission de Topographie des Gaules. Il est chargé dans les années 1890 d'achever le Dictionnaire archéologique de la Gaule.
Encore jeune, il est sensibilisé à la Préhistoire par son oncle, Armand de Quatrefages, professeur au Muséum national d'histoire naturelle de Paris, et emploie ses loisirs à la fouille de dolmens en Aveyron. En 1867, il participe avec Gabriel de Mortillet et Édouard Lartet à la présentation des collections préhistoriques lors de l’Exposition universelle, puis est nommé secrétaire-adjoint du Congrès international d’anthropologie et d’archéologie préhistorique, la même année. Il est membre de la Société archéologique du Midi de la France dès 1866, et préside cette société savante entre 1914 et 1921. En 1869, Cartailhac acquiert la revue fondée par Gabriel de Mortillet Matériaux pour l’étude philosophique et positive de l’Homme, qu’il fusionne en 1889 avec la Revue d’anthropologie et la Revue d’ethnographie et devient co-directeur de L’Anthropologie. Le dernier fascicule du Dictionnaire archéologique de la Gaule, dont il avait repris le projet en 1894, n'est publié qu'en 1924, trois ans après sa mort.
Il étudie les mégalithes du Portugal et de l'Espagne en 1886, ceux des Baléares et de la Sardaigne en 1888. Après avoir nié l’authenticité des peintures rupestres d’Altamira, il reconnaît publiquement son erreur en 1902, puis publie avec l’abbé Breuil La Caverne d’Altamira. La collaboration des deux préhistoriens se poursuit avec l’exploration des grottes de Niaux (1906) et de Gargas (1910). Le prince de Monaco finance les fouilles des grottes de Grimaldi que mènent les deux hommes, et accompagné de leurs conseils fonde l’Institut de Paléontologie humaines en 1910. Soucieux de divulguer les connaissances sur la Préhistoire, Émile Cartailhac aménage le musée de Saint-Raymond à Toulouse, et remet aux musées de Toulouse et de Saint-Germain-en-Laye, le produit de ses fouilles. Il inaugure un cours d’archéologie préhistorique à la Faculté des sciences de Toulouse en 1882.