L'administration de l'instruction publique depuis la Révolution française est rattachée aux services du ministère de l'Intérieur créé en 1790. Héritière de l'Université impériale instituée par les décrets du 17 mars 1808, et qu'avaient remplacée, pendant les premières années de la Restauration, une "Commission de l'Instruction publique " (1815-1820), puis un "Conseil royal de l'Instruction publique " (1820-1822), l'Université de France fut érigée en département ministériel, le 26 août 1824, par la création du "Ministère des Affaires ecclésiastiques et de l'Instruction publique".
Créé par ordonnance du 4 janvier 1828, le Ministère de l'Instruction publique dure, sous des appellations légèrement variables, jusqu'en juin 1932. Il est alors remplacé par le ministère de l’Éducation Nationale.
Sous le Second Empire, le ministère de l’Instruction publique et des Cultes, administré notamment par Hippolyte Fortoul (1851-1856), Gustave Rouland (1856-1863) puis Victor Duruy (1863-1869), est réparti en plusieurs bureaux et en une division : la Division des Sciences et Lettres. Elle regroupe la gestion des grands établissements scientifiques (par exemple, le Museum d’Histoire Naturelle) mais s’occupe également des indemnités scientifiques attribuées au développement de la recherche. Par ailleurs, le ministère, grâce aux différentes commissions dont il a la tutelle, est en lien permanent avec les sociétés savantes. C’est le cas notamment avec l’actuel Comité des Travaux Historiques et Scientifiques et avec la Commission de Topographie des Gaules qui font appel aux savants locaux, qu’ils nomment correspondants, dans le cadre de leurs recherches archéologiques et historiques dans les différentes régions de France.